JBS Halo

Поиск подходящих производных содержащих тяжелые атомы может быть довольно утомительным и связанным с тем, что тяжелые атомы часто нарушают кристаллическую решетку. Галогенированные АТФ- и ГТФ-аналоги, однако, предоставляют другой метод, который позволяет рациональное включение тяжелых атомов в большое количество физиологически значимых ферментов:

• Только в геноме человека, по некоторым оценкам, от 5000 до 10000 белков взаимодействуют с АТФ или ГТФ (протеин- и нуклеотид-киназы, моторные белки, шапероны или, соотвтественно, суперсемейство ГТФаз).
• Включение йода или брома позволяет проводить экспериментальный фазинг белков, чья молекулярная масса, по крайней мере, до 50 kDa. Важно, что для MIR и MIRAS экспериментов, такие производные желательно должны быть изоморфны естественным кристаллам.
• Кинетика связывания 2'-галогенированных АТФ-аналогов для большинство белков хорошо изучена (включая миозин, креатин-киназу, гексокиназу, пируват-киназу и UMP/CMP киназу) и аналогична таковой незамещенного АТФ.
• Комплексы 2'-галогенированных ГТФ аналогов с ГТФазами p21ras или Rab5 имеют константы диссоциации, хорошо подходящие для кристаллизации.
• Некоторые белки, включая кинезин, NCD(non-claret disjunctional ) белок и TMP киназа, были кристаллизованы с 2'-галогенированными аналогами.

Набор JBS Halo-ATP содержит 8 галогенизированных Аденозин-нуклеотидов (50 единиц^* в виде лиофилизированной натриевой соли):

• 2'-Йодо-dADP, 2'-Йодо-dATP
• 2'-Бромо-dADP, 2'-Бромо-dATP
• 8-Йодо-ADP, 8-Йодо-ATP
• 8-Бромо-ADP, 8-Бромо-ATP

Набор JBS Halo-GTP содержит 4 галогенизированных Гуанозин-нуклеотида (50 единиц^* в виде лиофилизированной натриевой соли):

• 8-Йодо-GDP, 8-Йодо-GTP
• 8-Бромо-GDP, 8-Бромо-GTP

^* 1 единица = 1 μl 10 mM раствора

Исследуемый белок может быть совместно кристаллизован с соответствующим аналогом, либо нуклеотид может быть добавлен прямо в кристаллизационную каплю, содержащую заранее выращенные кристаллы. Так как трудно предсказать, какой из галоген-нуклеотидов даст наиболее качественный производный кристалл, желательно проверять их все параллельно.

Со-кристаллы TMP-киназы человека и 2'Br-ADP/ATP