Галогенизированные нуклеотиды (прочие)

Наиболее простой метод, в настоящее время использующийся для решения проблемы макромолекулярной фазы, аномальная дисперсия волны одной длины (SAD), подразумевает включаения тяжелых атомов в кристалл белка. После собственно кристаллизации, нахождение таких производных является вторым узким местом в определении трехмерной структуры биомакромолекул.

Большинство процедур маркировки фокусируется на самом белке, используя метод "проб и ошибок". Галогенированные АТФ- и ГТФ-аналоги, однако, предоставляют другой метод, который позволяет рациональное включение тяжелых атомов в большое количесвтво физиологически значимых ферментов:

• Только в геноме человека, по некоторым оценкам, от 5000 до 10000 белков взаимодействуют с АТФ или ГТФ (протеин- и нуклеотид-киназы, моторные белки, шапероны или, соотвтественно, суперсемейство ГТФаз).
• Включение йода или брома позволяет проводить экспериментальный фазинг белков, чья молекулярная масса, по крайней мере, до 50 kDa. Важно, что для MIR и MIRAS экспериментов, такие производные желательно должны быть изоморфны естественным кристаллам.
• Кинетика связывания 2'-галогенированных АТФ-аналогов для большинство белков хорошо изучена (включая миозин, креатин-киназу, гексокиназу, пируват-киназу и UMP/CMP киназу) и аналогична таковой незамещенного АТФ.
• Комплексы 2'-галогенированных ГТФ аналогов с ГТФазами p21ras или Rab5 имеют константы диссоциации, хорошо подходящие для кристаллизации.
• Некоторые белки, включая кинезин, NCD(non-claret disjunctional ) белок и TMP киназа, были кристаллизованы с 2'-галогенированными аналогами.

Вам также может быть интересен Набор JBS Halo, содержащий подборку важных Halo-ATP и Halo-GTP аналогов!

Галогенизированные, Ртуть- и селенсодержащие нуклеотиды и олигонуклеотиды